公的背甲黄色，有花纹，比较鲜艳；母的则很淡，接近白色。 公的头部、颈部和四肢都布满黄色的鳞片，背部则是由许多排列整齐的、大小相同的菱形鳞片组成（腹部的鳞片则呈长方形）。每一块菱形的顶端都长有一条黑色或褐色的垂直条纹，每条竖纹前端都有两个黑色的小圆点(雄性的第二对吻齿特别发达，从外面可以清晰地看到三个小的黑点)。 雌性个体较小，背部和四肢的鳞片都不及雄性密集和宽大，头顶部只有稀疏的几排鳞片。背部的菱形鳞片的大小和形状也明显小于雄性，每一块菱形边缘的黑条纹也不如雄性那么清晰和粗壮。雌性的尾翼也比较短小。
当受到惊扰时，黄喉拟水龟的尾尖会迅速地收缩人壳内，接着再刺向空中。这时，你可以仔细地观察一下它的尾尖，原来卷曲着的尾丝立刻舒展开来，并且不停地摆动，同时它还会把头、颈和四肢缩回壳内，真像个胆小怕事的“缩头乌龟”。
贾振江优质答主黄头侧颈龟背甲棕色或暗褐色，具有金属光泽，大致呈椭圆形或卵圆形，前缘具一锐利的棱。椎甲5枚，呈五角形，并且比肋甲宽。第1枚、第2枚椎甲长度大致相等，接近吻端；第3枚较长，比第4枚短；第5枚非常短，其后端位置比后缘更向前方。每枚椎甲的后缘中部具有1个三角形凹口。
肋甲4对，呈五角形，两侧肋甲外缘具1个弧形棱。每枚肋甲均比相邻的椎甲短。每枚椎甲、肋甲在腹甲均有1枚相对应的甲片，均为褐色，几乎无光泽，中央有11枚大型甲片，包括2枚椎甲和9枚肋甲，均为五角形，仅后缘的4枚甲片内侧2枚呈长方形或方形。胸盾与腹盾长度大致相等，肛盾的长度为胸盾的1/2左右。喉盾短于颈盾，甲片表面光滑。甲桥非常短，喉盾、前颈盾的盾棱非常锐利，胸盾、腹盾、后颈盾及肛盾的盾棱略低。腹甲后部有一明显凹槽。椎甲之间以骨缝相接，没有软骨或皮肤隔离。腹甲比背甲宽，左右臀盾内缘不接触。龟甲上有丰富的苔藓及藻类附着。
